A császári hadvezetés nem akart nagyobb áldozatokat hozni, ezért a blokád mellett döntöttek. Egyidejűleg megtiltották a környékbeli vármegyék lakosságának, hogy bárminemű élelmiszert az egri várőrségnek szállítsanak. A közvetlen blokád 1687. július 9-én kezdődött. A várat Giovanni Doria olasz tábornok, Koháry István tábornok és Vécsey Sándor ajnácskői kapitány vették körül. Semmilyen hadműveletet nem végeztek, kivéve azt, hogy visszaverték a kisebb kitörési kísérleteket. Egyedüli feladatuk volt, hogy várban lévőket teljesen elzárják a külvilágtól. A Belgrád irányából várt felmentő sereg sem érkezhetett meg, mert a török fősereg augusztus végén már Eszéknél totális vereséget szenvedett. A kérdés csak az volt, hogy meddig tartanak a védők élelmiszer tartalékai. December elején kénytelenek voltak alkuba bocsátkozni. Ennek értelmében a vár védői szabadon elvonulhattak, hátrahagyva az ott lévő fegyvert és lőszert, a császáriak viszont szavatolták az elvonulók biztonságát. Az egyezmény érdekessége volt, hogy teljes vagyonbiztonságot garantált mindazok számára (a törököknek is), akik Egerben kívántak maradni.

A hódoltság elmúltával a bécsi udvari haditanács 1702-ben elrendelte 18 magyarországi vár, köztük az egri megsemmisítését. Ennek értelmében a bástyákat, falakat, tornyokat leromboltatták, az árkokat és üregeket pedig be kellett temetni. Elsőként a külső várat rombolták le, hamarosan elfogyott azonban az erre a célra fordítható pénz, a Rákóczi szabadságharc idején pedig a megmaradt belső vár is fontossá vált. A szabadságharc bukása után, a 18. századi nagy építkezések alkalmával azután nem egy jelentős egri épület a vár köveiből készült. Az az erődített épületegyüttes, mely ötszáz éven keresztül az egri püspökök és a káptalan székhelye volt, és később a kereszténység bástyájaként a hősies helytállás szimbólumává vált, lassan az enyészeté lett.

Az 1687. december 17-én bekövetkezett felszabadulás után a város a várral és a várhoz tartozó birtokokkal együtt a kincstár új szerzeményét képezte. Lassan megindult a betelepülés folyamata.

Az első lakosok között voltak azok a török családok, akiknek letelepedését a vár feladási alkupontjai biztosították. Ez mintegy 300 főt jelentett. Őket követték a végvári katonák, egyházi személyek, német és magyar mesterek, nemesek, parasztok, rácok. A szerbek betelepülése Egerbe minden valószínűség szerint a XVI. század utolsó éveiben zajlott, közvetlenül azután, hogy a török elfoglalta Egert. Az 1693-as összeírás már 633 rácot emleget Egerben, papjaik és szerzeteseik száma ekkor 10 volt. Ezt a nagy lélekszámot az magyarázza, hogy az 1690-es évek elején Csernovics Arzén pátriárka vezetésével kb. 30.000 szerb menekült Magyarországra, akik az ország különböző pontjain települtek le. Hosszú évtizedeken keresztül fontos szerepet játszottak az egri borok külföldi (elsősorban lengyelországi) értékesítésében. Néha görögök néven is szerepeltek, ez is elsősorban felekezeti kategória volt, szép számmal voltak azonban köztük ténylegesen görög nemzetiségűek is, akinek itteni jelenléte azzal magyarázható, hogy a pozserováci békeszerződés értelmében a török alattvalójú kereskedők - köztük a görögök is - jelentős vámkedvezményeket élveztek. Ideérkezésükkor az Ágostonrendiek egykori templomát kapták meg, és csak a 18. század végére sikerült uralkodói engedéllyel felépíteniük templomukat, a Szent Miklós püspök tiszteletére emelt, közkeletű nevén Ráctemplomot. A betelepülést elősegítette, hogy a kincstár ötévi adómentességet biztosított a lakosság számára és mellőzte Eger püspökének régi birtokjogát. I. Lipót 1688. augusztus 6-án szabad királyi várossá nyilvánította Egert. A rangemelést ki is hirdették a lakosság előtt. A város lakossága tudatában volt annak, hogy a rangemelés érvényessége kétséges, hiszen az sohasem emelkedett jogerőre, mert nem hirdették ki az országgyűlésben. Ezért 1692 novemberében egy felségfolyamodványt nyújtottak be, melyben ismét kérték a rangemelést és az erről szóló privilégiumlevelet. Ezt nem kapták meg, ennek ellenére a város 1693-ban ezüst pecsétet csináltatott magának, a szabad királyi városi jogállásra utaló körirattal (Sigillum liberae ac regiae civitatis Agriensis), amit használatba is vettek. A még mindig Kassán élő Fenessy György püspök és a Jászón élő káptalan tiltakoztak ez ellen, éspedig joggal, mert a rangemelés közjogi szempontból valóban támadható volt. Bizonyítékként bemutatták IV. Béla király 1261-ben kelt oklevelének másolatát, amely Egert püspöki várossá nyilvánította, valamint az 1649. évi 45. törvénycikket, mely kimondja, hogy minden olyan privilégium, melyet az uralkodó az érintett földesúr beleegyezése nélkül adományoz, érvénytelen.

A püspök első lépésként a kamarától bérbe vette a várhoz tartozó püspöki falvakat, hogy azok addig se legyenek idegen kézen, míg jogainak érvényt nem tud szerezni. Később kifogást emelt az udvarnál a szabad királyi pecsét használata miatt is. Segítségére voltak Heves és Borsod vármegyék, melyek területén Eger feküdt, azzal vádolva meg a várost, hogy nem kívánnak részt vállalni az ország terheiből. 1694-ben a püspöknek sikerült kiegyeznie a kincstárral, mire az uralkodó visszavonta Eger városától az akkor már általa is ideiglenesnek nevezett privilégiumokat és visszaállította Eger püspökének régi birtokjogát. Azok a házak és telkek, melyeket a kamarai igazgatás alatt szereztek, háborítatlan tulajdonban maradtak, a királyi parancs pedig biztosította a szabad költözés jogát azon polgároknak, akik a megváltozott jogi helyzetben nem kívántak a városban maradni.