Fenessy püspök címeréből alakult ki Eger város címere, két benne lévő motívum, az egyszarvú és a napkorong felhasználásával.

Másfél évszázadon keresztül a város és a püspök közötti megállapodás, az úgynevezett Fenessy egyezmény volt az a jogforrás, amely Eger életét meghatározta. A megállapodás a szabad királyi városokéhoz hasonló privilégiumokat biztosított a lakosságnak, de voltak bizonyos megszorításai a földesúri jogok érvényesítése érdekében. A belvárost fallal vették körül, és magisztrátus irányította életét, ám a főbírót mindig a püspök által kijelölt három személy közül kellett választani. A földesúrnak és a két vármegyének járó adókat nem fejenként, hanem egy összegben fizette a város, ami szintén jelentős kedvezménynek számított. Ám az egyezmény hatálya csak a fallal körülvett belváros lakóira terjedt ki, a falon kívüli külvárosok, úgynevezett hóstyák (A német Hochstadt=előváros szóból) lakói a zsellérekével azonos jogállásúak voltak. A földesúri joghatóságot a káptalan nevében is a püspök gyakorolta mind a belváros, mind a hóstyák népe fölött, elvileg azonban a város borsodi, vagyis patakon túli része a káptalané, a hevesi, vagyis patakon inneni része pedig a püspöké volt.

A város a 18. század folyamán szüntelen küzdelmet folytatott azért, hogy a szabad királyi városok sorába jusson. Ezek a törekvések különösképpen erősek voltak Barkóczy Ferenc püspöksége idején, később 1783-ban Eszterházy Károly püspök alatt. Eszterházy tiltakozott II. József türelmi rendelete miatt, mire az haragjában felmentette a püspököt örökös főispáni tisztéből. Ezt a villongást kihasználta a lakosság, és bepanaszolták a püspököt az uralkodónál, aki 1789-ben kelt válaszában megígérte a lakosságnak a hőn óhajtott rangemelést. A következő esztendőben bekövetkezett halála miatt azonban erre sem került sor.

Elsőként az 1699-ben kinevezett Telekessy István püspök érkezett székvárosába, aki elődeihez hasonlóan a püspöki székkel egyidejűleg Heves és Külső Szolnok vármegyék örökös főispáni tisztségét is elnyerte. Telekessy jelentős adományokkal támogatta a már előtte ideérkezett jezsuita atyákat, hiszen mikor ideérkeztekor még hajléka sem volt, náluk kapott szállást. A jezsuiták ekkorra már megnyitották gimnáziumukat, amelyet egészen 1773-ig, a rend feloszlatásáig működtettek, és amelyet a rendházzal és a templommal együtt később a ciszterciek vettek át, a püspök adományából létesítették patikájukat is, melynek bevételeiből tudták folytatni építkezéseiket. Az idős főpap sokat tett a törökök által elnéptelenített, és lerombolt egyházmegye és székhelye újjáépítéséért is. A súlyos paphiány miatt 1705-ben megnyitotta a Kassáról idetelepített egri szemináriumot, valamint egyházmegye szerte helyreállíttatta a megrongálódott templomokat, és újakat építtetett. A papnevelő intézet fenntartására a bélháromkúti egykori ciszterci apátság birtokait, illetve jövedelmeit jelölte ki.

1700 és 1708 között kijavíttatta a Szent Mihály plébániatemplomot, amely ettől kezdve püspöki székesegyházként működött és megkezdte a püspöki rezidencia építtetését is a városban. Telekessy adott engedélyt a káptalan tagjainak, hogy házaikat az egykori romos épületek helyett a mai Kossuth Lajos utcában építsék fel.

A Rákóczi fejedelem által vezetett szabadságharc idején a város védelmét a felkelőkkel szemben az idős püspök vezette. Miután megállapodás szerint nem kapott segítséget, 1704-ben a kurucok bevonultak Egerbe, a püspök kész volt a szabadságharc támogatására. Maga Rákóczi is 1704. februárjában érkezett Egerbe, és itteni tartózkodása során a főpásztor atyai jó barátja lett. Művelődéstörténeti szempontból nagyon fontos, hogy 1705 tavaszán Egerben jelent meg az első magyar hírlap, a Mercurius Hungaricus, melynek az volt a feladata, hogy a külföldi közvéleményt tájékoztassa a felkelés eseményeiről. 1705. szeptemberében a szécsényi országgyűlés aktív résztvevője volt Telekessy is, ahol a rendek Rákóczit vezérlő fejedelmükké választották. A fejedelmi esküt is neki tette le (ennek ellenére nem sikerült elérnie a fejedelemnél, hogy a jezsuiták itt maradhassanak a városban). 1707-ben az ónodi országgyűlésen pedig a püspök elsőként írta alá a Habsburg ház trónfosztását. A szabadságharcban való aktív részvétele miatt Keresztély Ágost esztergomi érsek 1709. december 18-án felfüggesztette főpapi méltóságából. Az ehhez szükséges törvényes alapot az szolgáltatta, hogy az uralkodó kérésére XI. Kelemen pápa kiadott egy brévét, ami arról szólt, hogy minden papot, aki részt vesz a felkelésben és egy hónap múltán sem tér vissza az uralkodó hűségére, megfoszthatnak hivatalától és javadalmaitól. A pápát nyilván egyoldalúan tájékoztatták, mikor ennek az okmánynak az aláírására rávették, így Piazza bécsi nuncius közbenjárására volt szükség ahhoz, hogy a pápa feloldja az ítéletet, majd 1711-ben visszahelyezte a püspököt jogaiba.