Eszterházy halála után újra napirendre került egy régebbi terv, a hatalmas kiterjedésű egri egyházmegye felosztása. 1804-ben VII. Pius pápa az egri püspökség területéből kialakította a kassai és a szatmári püspökségeket, az egrit pedig érseki és metropolitai rangra emelte, ami azt jelenti, hogy az érsekség joghatósága más egyházmegyékre is kiterjed. Ezek a rozsnyói, a szatmári, a szepesi, és a kassai püspökségek voltak.

Első egri érsekké 1804-ben Fuchs Ferencet nevezték ki. Rövid egyházfősége alatt legfőbb tevékenysége az újonnan alakult főegyházmegye megszervezése volt. Rendkívüli szociális érzékenységgel rendelkezett, amit az is bizonyít, hogy nagyon sok áldozatot hozott a szegénység és a nyomor felszámolása érdekében, végrendeletében pedig mindenét a szegény papokra és tanítókra hagyott.

1807-ben bekövetkezett halála után báró Fischer István követte őt az érseki székben. Őt is mindenek előtt nagylelkűsége tette emlékezetessé a főegyházmegye élén. Jelentős összeggel támogatott az Érseki Joglíceum mellett országos intézményeket, a város szegényeit, a többszöri árvízzel sújtott lakosságot, a nyomorúsággal küszködő papokat és tanítókat. 1822. július 4-én bekövetkezett halálától kezdve öt évig betöltetlen volt az egri érseki szék.

Pyrker János László velencei pátriárkát 1827-ben nevezték ki a főegyházmegye ordináriusává. Az itteni érseki palotához egy új szárnyat emeltetett, a délit, melyben a korábbi állomáshelyén gyűjtött képeit elhelyezte. Egri érsekké történt kinevezése után egyébként is serény munkához látott. Megalapította az egri rajziskolát, hogy elősegítse az iparostanoncok szakmai képzését. 1828-ban a Líceum épületében nyitotta meg az első magyar nyelvű tanítóképzőt, mert észrevette, hogy az elemi iskolákban többnyire műveletlen és képzetlen tanítókra van bízva az ifjúság nevelése. Székvárosában városszépítő bizottságot hozott létre, hogy a városbeli építkezéseket ellenőrizni lehessen és az utcák rendezettebb küllemmel bírjanak.

Létrehozott egy egyesületet, az Egri Kaszinói Társaságot, mely birtokba vette és működtette az 1834-ben, a reformtörekvések során az egykori Spetz -házban létesített Kaszinót.

1828-30 és 1839-40-ben két ütemben megteremtette az egri gyógyfürdő alapjait. Ő volt az egri vár kultuszának megalapozója is. Parkosíttatta a várat, a régi székesegyház egyik gótikus pillérére felállíttatta Szent István szobrát, végezetül a Setét kapuban elhelyeztette Dobó István síremlékét. Az ő kezdeményezésére létesült a várbeli Kálvária is.

A Velencében eltöltött évek alatt jelentős, jórészt a velencei festőiskola művészeitől származó képgyűjteményre tett szert, amelyet később Egerbe is magával hozott. Mikor az 1836 májusában berekesztett országgyűlés egyik utolsó ülésén az összegyűlt rendek 500.000 forintot szavaztak meg a Pesten felállítandó Nemzeti Múzeumra, akkor a pátriárka érsek fölállt, és gyűjteményét odaajándékozta a létesítendő múzeumnak. Pyrker később még mintegy ötven képpel egészítette ki az adományt. Miután a Nemzeti Múzeum csak évek múlva épült fel, az érsek ideiglenesen Egerben állítatta ki a műveket, így esett meg, hogy a Nemzeti Múzeum képtára először nálunk volt látható. A gyűjtemény ma a Szépművészeti Múzeum tulajdona.

Kezdettől fogva foglalkoztatta az új katedrális építtetése, mert megítélése szerint ideérkeztekor "az egri érseki templom alig különbözött egy falusi templomtól." A tervezést Hild József, a kor neves építésze, a művészi díszítést többek között az Itáliából érkezett Marco Casagrande szobrászművész végezte. Az új székesegyház mindössze négy év alatt épült fel, szentelésére 1837. május 7-én került sor. Az építkezés költségei jóval meghaladták Pyrker érsek és az egyházmegye teherbíró képességét, ezért a katedrális díszítése ekkor még koránt sem volt befejezve, a szentély kialakítására 1910-ben került sor, a freskók jelentős része pedig az 1950-es évek elejére datálható. A templom tetőzetének, kupolájának és toronysisakjainak vörösréz borítása Kádár László érsek hozzájárulása volt a székesegyház szépítéséhez, a hat félköríves üvegablak közül négy, és az oldalhajók padlóburkolata pedig a jelenlegi főpásztor jóvoltából készült.